现阶段国税总局对这两类性质的民办院校实行的财税优惠政策并无较大差别。此外，由于民办院校政策法规方面不太完善，民办院校政策法规缺乏更加明晰的细则和解释，加之地方税务机关及基层税务工作者对民办院校政策法规关注度不高等因素，导致民办院校在执行政策法规时担负着较高税务风险，也影响了民办院校享受财税优惠政策。

　　一、民办院校主要涉税风险分析

　　民办院校涉税风险分析应该根据民办院校的涉税业务，即收入组成和类型，具体分析民办院校适用的不同税种。民办院校收入主要分为教育事业收入、财政补助收入、科研事业收入、上级补助收入和其他类型收入，涉及到的税种有增值税、所得税、城建税和教育附加费等。一般情况下，民办院校为一般纳税人，对于民办院校的经济业务，除学历教育收入、财政补助收入、纵向科研收入外，其他收入都需要缴纳增值税。

　　1、增值税涉税风险

　　民办院校的教育事业收入分为学历教育收入和非学历教育收入。学历教育收入是为在籍学生提供学历教育而获得的劳务收入，如学费、住宿费、书本费、考试报名费等。根据高校政策法规，在规定收费标准和范围内，学历教育收入免征增值税。需注意，免征增值税政策仅针对学历教育收入，诸如民办院校举办的培训班等非学历教育收入仍需要缴纳增值税。但在实务工作中，某些民办院校将非学历教育收入与学历教育收入混淆，将本应缴纳增值税的非学历教育收入也并入免税范围，比如将培训班或进修班的考试费当作学历教育收入的考试报名费来处理。此外，民办院校的科研事业收入主要包括纵向科研收入和横向科研收入。纵向科研收入来源于财政拨款科研经费根据政策法规相关规定，民办院校的纵向课题经费不征收增值税。而民办院校获得的横向课题经费主要来源于非行政事业单位，根据税法相关规定，民办院校开展技术转让、技术开发和与之相关的技术咨询、技术服务，必须取得科技部门的相关认证，经过备案可免征增值税，否则一律按规定征收增值税。

　　在实务工作中，很多高校对横向课题经费的处理可能存在以下几种情况：一是未能分辨横向课题是否取得相关部门认证和备案，便按照免征增值税处理；二是当横向课题经费到账时，默认横向课题经费开具增值税发票，而没有询问经费支持方是否可以开具收据，降低了民办院校横向课题增值税的纳税筹划效率。在增值税进项税抵扣方面，民办院校为取得应税劳务所支付或者承担的进项税额，准予抵扣高校在提供同等业务时发生的应税劳务销项税额。因此，民办院校取得的增值税发票必须是增值税专用发票，才准予抵扣。

　　在民办院校实际工作中，由于增值税涉税业务较多，日常报销工作繁忙，民办院校财务人员较少且业务水平参差不齐，财务工作较为烦琐，耗费时间精力较多，财务人员无法在增值税发票种类问题上做到精准把关。除此之外，由于各院系、部门增值税涉税业务经办及报销人员并非财务专业人员，没有很好地掌握相关财税优惠政策，对增值税专用发票和普通发票的区别及功能并不了解，因此在经办相关业务时并未要求销售方开具增值税专用发票，导致民办院校的相关业务销项税无法抵扣，增加了民办院校增值税税负和风险。从增值税财税优惠政策方面来看，由于目前高校的财税优惠政策还没有形成完整的体系，民办院校对税收相关政策法规的了解有限，在不了解有关政策的情况下获取相关财税优惠政策信息存在困难。

　　另外，由于民办院校与税务机关沟通联系较少，高校管理人员对涉税业务重视不足，缺乏专业人员进行纳税筹划，增加了民办院校的运营成本。民办院校可以享受的增值税财税优惠政策有多种。其中，为鼓励科技发展，高校因开展科研和教学活动而采购国产仪器设备，缴纳的增值税可以办理退税。而在实际工作中，根据调查了解，高校采购国产设备退税政策在部分高校的落实还较为滞后，尤其是民办院校，能够精准落实的更是少之又少。高校采购国产设备退税政策早在2009年就已经开始实行，但无法在高校全面落实。一方面，税务机关对财税优惠政策宣传落实不到位，缺乏积极有效的宣传，很多高校对这一政策并不了解，因此无法真正享受到财税优惠政策的红利。另一方面，国家税务机关缺乏对基层工作人员的业务培训，不仅导致政策宣传不到位，还给高校实行的财税优惠政策增加了难度。

　　2、个人所得税涉税风险

　　民办院校相较于公办院校来说，教学资源投入不足，资源分配不均，教师权益保障不够，职工薪酬增长速度较慢，因此不少民办院校教师除在学校取得的工资收入外，还可能获取其他劳务报酬，并且由于民办院校工资收入分类不明确，存在个税缴纳不清楚的情况。

　　一方面，在新个税法背景下，高校教职工个税纳税筹划工作需要多个部门协作，并非仅由财务部门就可完成，这需要结合教职工的年度综合所得情况进行分析。由于民办院校教师并非财务管理专业人员，很多教师对于自己的全部收入如何缴纳个人所得税了解得并不细致，因为个人收入分类不同，适用的个税计征方法和税率也不同。劳务所得与工资薪金所得在计算缴纳个人所得税时存在较大差异，有些教师在领取收入的时候，往往因为不了解政策，误把劳务收入当作工资薪金收入，错误地按照工资薪金所得去计算个人所得税。另外，教职工在校外获得的劳务收入涉及个人隐私，往往不愿意透露给财务部门，高校教职工的纳税遵从度和纳税意识不强，这种现象不利于高校开展个税筹划工作。

　　另一方面，由于负责代扣代缴的工作人员自身知识和业务能力的限制，对纳税筹划认识不足，认为替教师进行个税筹划是一项复杂、耗费时间精力较多且很难实行的工作。由于民办院校在开展业务过程中，业务性质往往有多种，既有公益性质的，也有营利性的，而各个高校实行的会计制度不统一，导致税收筹划工作较为复杂，所以部分民办院校并不重视个税筹划，把握政策法规的能力较弱，为避免产生不必要的税收风险，很多民办院校也不愿意花费大量时间和精力进行个税筹划。